自寨卡病毒病疫情爆發以來，特區政府已根據世界衛生組織的建議，採取一系列措施加強寨卡病毒病及其可能併發症的監測應對：
(1) 加強監測，包括：
密切留意各地疫情，以便採取適當的防控措施；
建立實驗室檢測能力，儲備足夠的檢測試劑；
呼籲臨床醫生留意有旅行史和疑似症狀的人士，必要時作出檢測；
制作寨卡病毒病的檢測及通報指引、病例定義、孕婦檢測寨卡病毒病指引；
為加強澳門前線醫務人員對寨卡病毒病的警覺性及相關認識，加強對此疾病的應對能力，舉辦了3場醫護人員的講解會；
將寨卡病毒病納入傳染病防治法傳染病表，於2016年2月23日生效；
加強小頭畸形等先天性畸形和格林－巴利綜合徵的監測，研究開展人群血清學調查；
對過去15年澳門的先天性畸形和小頭畸形個案作統計分析；
制作口岸針對寨卡病毒病的體温監測及送檢流程。
(2) 加強區域合作：
與廣東省和香港的衛生部門及澳門其他的醫療機構保持緊密聯繫，並舉行多次會議就寨卡病毒病目前的傳播形勢，對粵、港、澳三地構成的潛在風險交換意見，三方一致同意加強三地的疫情通報和應對合作。
持續和世界衛生組織及鄰近地區的衛生部門保持密切聯繫和合作。
(3) 加強風險溝通：
衛生局採取一系列的宣傳措施，包括各種媒體和旅行社等途徑，加強對巿民的宣傳教育，呼籲巿民注意清除積水及保護自己免被蚊叮咬。
制作給公眾和給孕婦的海報、單張，宣傳寨卡病毒病的預防方法。
向在受影響地區旅遊或居住的澳門居民發放電話短訊。
向醫生發放電話短訊，呼籲對疑似病例提高警惕。
(4) 加強病媒控制：
於本年3月8日開始和民政總署開展一系列宣傳和滅蚊工作。
自6月中旬起對來自受影響地區的飛機要求實施滅蟲措施。
(5) 暫停來自受影響地區人士接受捐血
為保障澳門血液的安全，由2月5日起，捐血中心對曾居住或到訪受寨卡病毒影響的中美洲和南美洲等國家或地區的捐血者，暫停接受捐血服務4星期，即自抵澳日起計28日。
衛生局表示，可能傳播寨卡病毒病的白蚊伊蚊在澳門普遍存在，一旦有感染者將病毒帶到澳門，澳門亦有發生傳播的風險。為此，衛生局呼籲醫護人員提高警惕，留意疑似寨卡病毒病病人，如有懷疑，應及時作出申報和檢測，以便能及早發現個案，降低發生社區流行的風險。
此外，衛生局呼籲孕婦或打算懷孕的人士應暫時避免到受影響地區，懷孕婦女或沒有其他可靠避孕方法避孕的育齡婦女應暫停和曾於近期在受影響地區停留的男性進行性行為，或應在每次性行為時要求該男性全程正確使用安全套；其他人士和曾於近期在受影響地區停留的男性進行性行為時，可考慮每次及全程正確使用安全套以降低被感染的風險；如市民前往有寨卡病毒病流行地區旅遊時，宜穿淺色長袖衫褲，在有空調或有防蚊裝置的地方住宿，外出時使用驅蚊劑，防止被蚊叮咬；曾到過受影響地區的人士，離開後28天內不要捐血及仍需嚴格採取防蚊措施；如有發熱、出疹等疑似寨卡病毒病的症狀，應及時就醫。巿民如有疑問，可致電衛生局傳染病熱線28700800或瀏覽衛生局傳染病網頁。
